M1卡和CPU卡是市面上常用的两种智能卡，两者的区别如下：

1、储存空间和分区
M1卡存储空间有限，扇区固定扇区、分块管理。
CPU卡存储空间比M1卡要大很多，完全能够满足一般的存储需要，采用类似操作系统的文件存储方式，可灵活储存。

2、密钥长度
M1卡采用6字节密码，分扇区控制。每个扇区可单独进行加密。
CPU卡使用16字节密钥，并可根据实际需要建立多级分区，实现多级分区多级密钥的组合控制，提高了使用上的安全性。



3、加密认证算法
M1卡采用专用不公开硬件逻辑算法，目前已被破解，存在很大的安全隐患。
CPU卡采用通用公开软件或硬件加速算法，并可定制，且达到了金融标准。

4、读写安全模块
M1卡采用算法内置密钥外送，认证方式为卡片与专用基站芯片认证，此技术目前已被破解。
CPU卡采用通用读写模块透明传输，配合SAM密钥算法，认证在双方卡内部进行，传输过程中使用加密后的随机数，大大提高了读写时的安全性。

5、交易流程：
M1卡的交易流程简单，需自定义防拔流程。
CPU卡具备金融标准规范，也可由用户灵活设计，内置防拔流程。

6、访问权限控制：
M1卡可进行只读、只写、读写、加、减操作。
CPU卡对不同文件类型灵活设计认证方式。

7、 CPU卡比M1卡具有更加安全的优势：
从系统安全角度出发，IC卡在安全性上也是不断进步的，CPU卡在安全性上其生命力是最旺盛的。CPU卡可以采用多种安全方式，甚至可以起到保护软件系统的作用。可以同时使用多种不同的应用，例如虚拟M1卡的存储结构，即一卡多用。COS与软件系统的结合使用，提高了操作上的灵活性。